Є чотири загальнометодологічні причини, що ставлять під сумнів виправданість створення та використання ГМО і ГМ-продуктів в харчуванні людини.
ГМ-організми набувають не тільки бажані їх творцями, але й непередбачувані, несприятливі та небезпечні властивості і ознаки. Це пов'язано з тим, що геном вищих рослин і тварин містить десятки тисяч генів. Кожен ген взаємодіє з багатьма сотнями інших генів. Вбудований, чужорідний ген, у процесі роботи, додає не тільки одну ознаку або властивість (бажані для біоінженера), але своєю присутністю змінює багато інших ознак і властивостей в організмі. Спектр цих змін заздалегідь визначити неможливо.
Продукти роботи такого вбудованого гена в чужому для нього генетичної середовищі виявляються незнайомими для внутрішньоклітинних систем. Припускати, що в результаті змін, обов'язково вносяться чужим геном в еволюційно налагоджений геном, не будуть виникати токсичні, алергенні, канцерогенні та мутагенні продукти (речовини) неприпустимо з наукової точки зору.
1 % всіх виникаючих у результаті штучної трансформації генотипу соматичних мутацій можуть виявитися токсичними.
Не існує надійних методів визначення наслідків поширення ГМО та їх продуктів для природи і людини. Багато негативних ефектів ГМО виявляться лише в низці поколінь.
Для того, щоб виявити всі небезпеки ГМО, потрібно вивчити наслідки вирощування/розведення ГМО у всіх умовах, а також вплив ГМ-продуктів на всі групи живих організмів (тварин, рослин, грибів і найпростіших), простежити можливі генетичні, тератологические, імунологічні та ендокринологічні зміни в усіх системах органів всіх етнічних і статево-вікових групах людей. Ні теоретично, ні практично такі дослідження провести неможливо.
Небезпечна технологія створення ГМО. Чужий ген вставляється в ланцюжок ДНК хазяїна з допомогою бактерії-переносника. При цьому не можна заздалегідь визначити, в який ділянка хромосоми потрапить вставити ген. Крім того, крім цільових генів у геном вбудовується і технологічний сміття у вигляді частинок бактерій (наприклад, Ti-плазміди агробактерій). Дії біотехнологів тут нагадують дії алхіміка - змішати, розтерти, нагріти і подивитися, що вийшло. Однак на відміну від алхіміка, який в гіршому випадку отруїться або вибухне, генна інженерія створює монстрів, які можуть змінити весь світ.
Неможливо контролювати поширення ГМО та їх продуктів в природі. Пилок ГМ-рослин розноситься комахами-запилювачами на багато, а з вітром і водою - на сотні кілометрів. Пилок ГМ - ріпаку виявлена на полі генетично чистого сорту на відстані до 5 км, а у хабарі бджіл - до 11 км.